2017年のある春の日、アトムは海で、大爆発に巻き込まれます。そこでアトムは、昆虫に似た宇宙人の女・スカラと出会います。スカラは住んでいた星で結婚生活に飽き、宇宙船で地球にやってきたのでした。スカラを爆発から救ったアトムが、家に帰ろうと町に出てみると、なんと時代がさかのぼって、50年前の1969年にきてしまっていました。
一人、過去の世界に放り出されたアトムは途方にくれますが、同じく行き先も、知り合い一人いないスカラとともに、奇妙な共同生活を始めることに。エネルギー補充機が開発されていないため、エネルギーの補充もできず、ロボットの友達もいない過去の地球で、アトムはヒゲオヤジのゆかりの人物・スリル医師と、若き日の御茶ノ水博士に出会います。
ベトナム戦争や、ロボット開発の歴史を目の当たりにし、天間博士によって発明され、再び生まれるまで…。アトムの目を通して、「鉄腕アトム」世界のロボット開発の歴史を描くもうひとつのアトム・サーガ。