主人公であるミドリマキバオー（うんこたれ蔵）が、北海道勇払郡鵡川町の「みどり牧場」にて生まれるところから物語は始まる。母のミドリコが借金のカタに堀江牧場（通称・ひげ牧場）に売られてしまったため、たれ蔵は母親に会いたい一心で、みどり牧場から脱出。道中、とある森の中で後の親分肌となるネズミのチュウ兵衛と出会い、さまざまな困難を経て、母親と再会を果たすのだが…。その後、カスケードらライバルとの出会い、競走などによって、たれ蔵は競走馬「ミドリマキバオー」として成長していく。
ちなみに本作は物語序盤こそ、人間と動物（馬やネズミ）の関係は現実世界のそれと変わりないものであったが、物語の途中からは人間と動物が対等にコミュニケーションを取れる世界観となっていった。とくにマキバオーのパートナーとなる騎手の山本菅助（後述）が登場するころからは、マキバオーたち競走馬やチュウ兵衛と人間たちが直接会話をしている場面が随所に見られる。